前身
波恩大學(xué)前身為科隆公國(guó)學(xué)院，成立于1777年，有四個(gè)院系：神學(xué)，法律，醫(yī)學(xué)，世界學(xué)。1784年德國(guó)皇帝約瑟夫二世對(duì)其學(xué)業(yè)證明在整個(gè)神圣羅馬帝國(guó)給予認(rèn)可，因此由學(xué)院提升成為大學(xué)。1798年隨著萊茵河左岸被法國(guó)吞并科隆選帝侯國(guó)大學(xué)取消。
成立時(shí)間
今天的波恩萊茵弗雷德里希·威廉大學(xué)于1818年10月18日被普魯士國(guó)王弗雷德里�！ね雷鳛樵诟褓嚪蛩雇郀柕麓髮W(xué)，柏林弗雷德里�！ね髮W(xué)（即后來的洪堡大學(xué)），柯尼斯堡大學(xué)，哈勒大學(xué)和西里西亞弗雷德里�！ね髮W(xué)（即后來的波蘭弗羅茨瓦夫大學(xué)）之后的第六所普魯士大學(xué)建立。為萊茵蘭和威斯特法倫兩個(gè)新的普魯士省成立學(xué)術(shù)教育場(chǎng)所是波恩大學(xué)成立的初衷和契機(jī)，在同一天取消了明斯特和帕德伯恩現(xiàn)有的大學(xué)。選址在波恩有以下幾個(gè)原因：首先，通過兩座空置的大主教城堡可以提供足夠的初始可用空間。其次人們希望在大學(xué)部門設(shè)置上發(fā)出一個(gè)明確信號(hào)以標(biāo)志新的開始。因此，波恩科隆選帝侯國(guó)大學(xué)和科隆大學(xué)都被重新組織建立。
于1655年10月14日建立的老杜伊斯堡大學(xué)在波恩大學(xué)建立之年被解散，杜伊斯堡大學(xué)圖書館的大部分被搬到了波恩大學(xué)，波恩大學(xué)也是杜伊斯堡大學(xué)的繼承者。波恩科隆選帝侯國(guó)大學(xué)雖然只在很短的幾年內(nèi)作為先驅(qū)者，卻是一所很好的適應(yīng)普魯士教育理念的深受文藝復(fù)興影響的大學(xué)。
1860年5月，德國(guó)第一個(gè)藝術(shù)史研究大學(xué)教席在波恩大學(xué)設(shè)置。1865年奧托·雅恩教授與弗雷德里希·威廉·里奇爾教授之間的波恩語(yǔ)言學(xué)家糾紛導(dǎo)致李奇爾出走萊比錫。1868年榮獲醫(yī)學(xué)院榮譽(yù)博士頭銜的路易·巴斯德由于1870年的德法戰(zhàn)爭(zhēng)放棄頭銜。
20世紀(jì)
德國(guó)國(guó)家社會(huì)主義工人黨在1933年3月的議會(huì)選舉中獲勝后，波恩大學(xué)被政治化。40位教工因?yàn)榉N族和政治原因被解雇。他們中的兩位（Johannes Maria Verweyen和Paul Ludwig Landsberg）死在了集中營(yíng)，數(shù)學(xué)家菲力克斯豪斯多夫自殺身亡。文學(xué)院長(zhǎng)剝奪了托馬斯曼的名譽(yù)博士學(xué)位，二戰(zhàn)后被再次授予。
1934年成立大學(xué)農(nóng)學(xué)院，其前身是泊波爾斯多夫農(nóng)業(yè)大學(xué)。1944年10月18日空襲摧毀了波恩大學(xué)主樓（科隆選帝侯宮殿）。戰(zhàn)爭(zhēng)結(jié)束后的1945/46冬季學(xué)期由于恢復(fù)重建工作，校長(zhǎng)辦公室遷至過渡性建筑。由于戰(zhàn)爭(zhēng)破壞和學(xué)生增加建設(shè)工作是必要的，波恩大學(xué)新修建了一棟建筑作為圖書館，其對(duì)面修建了一棟建筑簡(jiǎn)直作為法學(xué)院。大學(xué)附屬醫(yī)院甚至完全從內(nèi)城遷出重新奠基。
21世紀(jì)
2001年州政府下令波恩大學(xué)在次年完成大學(xué)教師調(diào)整訓(xùn)練。加入博洛尼亞進(jìn)程。
2012年2月，在泊波爾斯多夫區(qū)開始了新的校園建設(shè)。約40,000平方米的建筑面積被用作農(nóng)學(xué)院的專業(yè)用地，因此未建建筑。建筑區(qū)域內(nèi)臨近布局著大學(xué)及州圖書館，幾個(gè)學(xué)院和一個(gè)食堂。
