1746年，由基督教曙光長老會創(chuàng)立的“新澤西學院（College of New Jersey）”成立，原本是為培養(yǎng)長老而建立的。起初校址設在新澤西州伊麗莎白鎮(zhèn)，校長為喬納森·迪肯遜，原校名“新澤西學院（College of New Jersey）”（有人提出以當時的省長喬納森·貝爾切命名，但被否決）。新澤西學院第二任校長是老阿倫·布爾，第三任是喬納森·愛德華茲。1747年，學院搬到了新澤西州的紐瓦克（Newark），1756年新澤西學院遷到了普林斯頓鎮(zhèn)（Town of Princeton）。

1803年Stanhope Hall建成，整個學院唯一的建筑便是Nassau Hall，為英王威廉三世命名為House of Orange-Nassau。美國獨立戰(zhàn)爭期間，學院被雙方占領，許多建筑都被大規(guī)模地損壞。1777年一月進行的普林斯頓戰(zhàn)役被證明是對于喬治·華盛頓將軍以及他的士兵來說關鍵的一戰(zhàn)。兩個普林斯頓人簽署了獨立宣言。在1783年夏，大陸會議在Nassau Hall舉行了會議，會議決定普林斯頓為國家首都。普林斯頓的首都位置持續(xù)了四個月。在獨立戰(zhàn)爭中，華盛頓將軍為從英國侵略者手中將其奪回，向Nassau Hall發(fā)射了猛烈加農(nóng)炮火，而飽受蹂躪的Nassau Hall奇跡般地存活下來；1802年和1855年的兩次大火又將Nassau Hall僅存的殘壁燒毀。由約瑟夫·亨利·拉特羅布、約翰·諾特曼以及約翰·威瑟斯普恩重建的Nassau Hall與羅伯特·史密斯設計的原作相比，有了很多改進也寬敞了很多。幾個世紀以來，Nassau Hall的角色從多功能建筑、辦公樓、宿舍、圖書館，到專用的教室，一直演變到今天的行政大樓�，F(xiàn)今，在Nassau 堂后院架著一架加農(nóng)大炮，那是美國獨立戰(zhàn)爭中華盛頓在普林斯頓留下的大炮。當然也留下了華盛頓對普林斯頓的準確評價：沒有一所學校能比他產(chǎn)生更好的學者和給人以更值得尊重的教養(yǎng)。

普林斯頓神學院于1812年從普林斯頓大學分離，因為長老們希望能有更多的神學培訓，而教師與學生們希望的恰恰相反。此舉減少了學生數(shù)量，也在一段時間內(nèi)減少了來自外界的支持。

普林斯頓大學在詹姆斯·麥考士在1868年成為校長之后變得停滯不前。在他作為校長的20年間，課程被無謂地檢查，科學課程的擴展被限制。麥考士還監(jiān)督了一系列哥特復興風格建筑的興建。校園中的McCosh Hall就是以麥考士命名的�！�1896年，為了表示對所在地的尊敬，新澤西學院正式改名為普林斯頓大學。同年，學院也進行了大規(guī)模的擴建，也正式變了一所大學。在伍德羅·威爾遜任校長期間，普林斯頓新增了一個討論研究課程，叫做“preceptorial”（1905年）。這個在當時很特別的概念以一個更個人化的小組學生與教師討論的方法替代了原有的大教室課程。