1746年，由基督教曙光長老會(huì)創(chuàng)立的“新澤西學(xué)院（College of New Jersey）”成立，原本是為培養(yǎng)長老而建立的。起初校址設(shè)在新澤西州伊麗莎白鎮(zhèn)，校長為喬納森·迪肯遜，原校名“新澤西學(xué)院（College of New Jersey）”（有人提出以當(dāng)時(shí)的省長喬納森·貝爾切命名，但被否決）。新澤西學(xué)院第二任校長是老阿倫·布爾，第三任是喬納森·愛德華茲。1747年，學(xué)院搬到了新澤西州的紐瓦克（Newark），1756年新澤西學(xué)院遷到了普林斯頓鎮(zhèn)（Town of Princeton）。

1803年Stanhope Hall建成，整個(gè)學(xué)院唯一的建筑便是Nassau Hall，為英王威廉三世命名為House of Orange-Nassau。美國獨(dú)立戰(zhàn)爭期間，學(xué)院被雙方占領(lǐng)，許多建筑都被大規(guī)模地?fù)p壞。1777年一月進(jìn)行的普林斯頓戰(zhàn)役被證明是對于喬治·華盛頓將軍以及他的士兵來說關(guān)鍵的一戰(zhàn)。兩個(gè)普林斯頓人簽署了獨(dú)立宣言。在1783年夏，大陸會(huì)議在Nassau Hall舉行了會(huì)議，會(huì)議決定普林斯頓為國家首都。普林斯頓的首都位置持續(xù)了四個(gè)月。在獨(dú)立戰(zhàn)爭中，華盛頓將軍為從英國侵略者手中將其奪回，向Nassau Hall發(fā)射了猛烈加農(nóng)炮火，而飽受蹂躪的Nassau Hall奇跡般地存活下來；1802年和1855年的兩次大火又將Nassau Hall僅存的殘壁燒毀。由約瑟夫·亨利·拉特羅布、約翰·諾特曼以及約翰·威瑟斯普恩重建的Nassau Hall與羅伯特·史密斯設(shè)計(jì)的原作相比，有了很多改進(jìn)也寬敞了很多。幾個(gè)世紀(jì)以來，Nassau Hall的角色從多功能建筑、辦公樓、宿舍、圖書館，到專用的教室，一直演變到今天的行政大樓。現(xiàn)今，在Nassau 堂后院架著一架加農(nóng)大炮，那是美國獨(dú)立戰(zhàn)爭中華盛頓在普林斯頓留下的大炮。當(dāng)然也留下了華盛頓對普林斯頓的準(zhǔn)確評價(jià)：沒有一所學(xué)校能比他產(chǎn)生更好的學(xué)者和給人以更值得尊重的教養(yǎng)。

普林斯頓神學(xué)院于1812年從普林斯頓大學(xué)分離，因?yàn)殚L老們希望能有更多的神學(xué)培訓(xùn)，而教師與學(xué)生們希望的恰恰相反。此舉減少了學(xué)生數(shù)量，也在一段時(shí)間內(nèi)減少了來自外界的支持。

普林斯頓大學(xué)在詹姆斯·麥考士在1868年成為校長之后變得停滯不前。在他作為校長的20年間，課程被無謂地檢查，科學(xué)課程的擴(kuò)展被限制。麥考士還監(jiān)督了一系列哥特復(fù)興風(fēng)格建筑的興建。校園中的McCosh Hall就是以麥考士命名的。　1896年，為了表示對所在地的尊敬，新澤西學(xué)院正式改名為普林斯頓大學(xué)。同年，學(xué)院也進(jìn)行了大規(guī)模的擴(kuò)建，也正式變了一所大學(xué)。在伍德羅·威爾遜任校長期間，普林斯頓新增了一個(gè)討論研究課程，叫做“preceptorial”（1905年）。這個(gè)在當(dāng)時(shí)很特別的概念以一個(gè)更個(gè)人化的小組學(xué)生與教師討論的方法替代了原有的大教室課程。