維多利亞殖民地的審計長和財政部長Hugh Childers在他的1852年11月4日的第一份財政預(yù)算里，準(zhǔn)備留出￡10，000，為殖民地建立一所大學(xué)。 墨爾本大學(xué)因為有個這一筆撥款，遂成立于1853年1月22日成立，并設(shè)立藝術(shù)、醫(yī)學(xué)、法律、音樂等傳統(tǒng)學(xué)科。政府每年為學(xué)校留出￡9000的經(jīng)費，用來基于學(xué)校的教學(xué)和科研活動。另外，政府在1853年決定給學(xué)校￡20,000用來建設(shè)校區(qū)的基礎(chǔ)建設(shè)。學(xué)校的在奠基儀式是在1854年7月3日，與為維多利亞州圖書館的奠基儀式是用一天。墨大于1855年正式授課，在剛開始的時候，由三名教授和十六名學(xué)生組成；在這最初的十六個學(xué)生中，只有四名成功的完成了學(xué)位，并順利的畢業(yè)。維多利亞殖民地總督，Charles Hotham爵士于1855年10月3日正式參與了學(xué)校的揭幕典禮。第一任校校監(jiān)由Redmond Barry出任，（后來的雷德蒙爵士），雷德蒙爵士在這個位置上一直任職直到他去世。
1881年，能夠讓女性入學(xué)，對于當(dāng)時保守的校董事會來說，是一個勝利
這所大學(xué)的第一百五十周年紀(jì)念日是2003年。
2015年1月1日墨爾本土地與環(huán)境學(xué)院被撤銷。它的農(nóng)業(yè)和食品系統(tǒng)部與獸醫(yī)科學(xué)一起組成了獸醫(yī)和農(nóng)業(yè)科學(xué)院，而其他研究領(lǐng)域，包括園藝、林業(yè)、地理和資源管理，則轉(zhuǎn)到了兩個新部門的科學(xué)系。
2018年6月19日，教育部辦公廳批準(zhǔn)北京航空航天大學(xué)與澳大利亞墨爾本大學(xué)合作舉辦市場營銷碩士學(xué)位教育項目終止辦學(xué)。
