成立1961年7月15日，為了滿足佛羅里達州南部蓬勃發(fā)展的教育需求，州議會通過法案授權在博卡拉頓市成立一所新的大學。佛羅里達大西洋大學是在一個博卡拉頓20世紀40年代一個美國陸軍飛行基地上建設起來的。該基地曾于第二次世界大戰(zhàn)期間由美國陸軍航空隊使用，是當時該部隊唯一的雷達訓練設施。基地建在已有的博卡拉頓機場和相鄰的23.7平方公里土地上。這些土地大部分是從大和殖民地失敗后的日裔農民手中通過征收等方式獲得的，許多在二戰(zhàn)初期失去土地的日裔美國人對此也幾乎沒有什么追索權。

博卡拉頓空軍基地原本的用途主要是雷達訓練，沿海岸線進行反潛艇巡邏，而且還是飛機通過南美洲飛往非洲和歐洲的一個停留點。這里擁有1.6萬人的兵力和1200名平民工人。機場由四條跑道組成，每條長1580米，其中三條跑道組成一個三角形，另外一條則將三角形平分。這些跑道如今在博卡拉頓校園內仍然清晰可見并主要用作停車場。戰(zhàn)爭期間，該機場一度增加到擁有800多幢樓宇，入住超過10萬名飛行員，其中還包括那些登上艾諾拉·蓋號轟炸機在廣島投下一顆原子彈的飛行員。隨著戰(zhàn)爭的結束，博卡拉頓陸軍機場的使用率也相應下降。到1945年底，整個基地僅有約100架飛機駐扎。

1947年初，軍方決定將以后的雷達訓練轉移到密西西比州的基斯勒空軍基地進行。1947年9月17日，勞德代爾堡颶風襲擊佛羅里達州南部地區(qū)，軍方決定于是得到了最終確定。據(jù)歷史學家唐納德·庫爾（Donald Curl）所說，“1947年的風暴對基地匆忙建成的框架結構造成了廣泛的破壞，還導致了洪水泛濫”。在這樣的情況下，美國空軍比原計劃提前放棄了這個基地。

1947年空軍的撤離讓博卡拉頓陸軍機場已經基本荒廢。曾在這一期間造訪機場的歷史學家羅杰·米勒（Roger Miller）描述基地只有“一間小辦公室檢查人員進出，一個日益惡化的空曠食堂，還有20來幢二戰(zhàn)時期的老式木制建筑”。

擴張與增長

佛羅里達大西洋大學于1964年9月14日首度開學，第一批學生一共是867人，入讀校內5個不同的學院。學校授予的第一個學位是1964年10月25日開學典禮上授予第36任美國總統(tǒng)林登·B·約翰遜的名譽博士學位，他也親自到場并正式宣布大學開放。這個時候，大學一共有350名雇員，其中120名是教員。1965年9月正式落成的阿岡昆館則是校園內的首幢學生公寓。

隨著校園周邊區(qū)域人口的增長，佛羅里達大西洋也在不斷地擴張。大學原本只接收高年級學生和研究生，因為佛羅里達州政府原本只打算讓這所學府“與州內的社區(qū)大學系統(tǒng)形成互補，接收那些已經從其他大學中獲得了副學士學位的學生”。

1971年，佛羅里達大西洋大學在勞德代爾堡商業(yè)大道建成的新校園正式開學，學校也擴張成為了擁有多個校園的分布型大學。由于佛羅里達州南部人口的迅猛增長，1984年，佛羅里達大西洋又跨出了擴張的一大步，向低年級本科生敞開了大門。一年后，大學又在勞德代爾堡市中心的拉斯·歐拉斯大道開放了第三個校園。

近期歷史

1989年，面對佛羅里達州南部地區(qū)增長的高等教育需求，州議會指定佛羅里達大西洋大學作為布勞沃德縣的引領州立大學。為了滿足這一需要，大學于1990年在布勞沃德縣西部的戴維市開辦了一個新校園，又于1997年在達尼亞灘新建了另一個校園。學校還于1994年在亞盧西亞縣購買了0.2平方公里土地建立又一個新校園。1999年，大學位于朱庇特的約翰·D·麥克阿瑟校園開學，這里也是大學榮譽學院的所在地。

2004年，佛羅里達大西洋大學與邁阿密大學下屬的倫納德·米勒醫(yī)學院在查爾斯·E·施密斯生物科學學院建立了醫(yī)學培訓課程。大學原計劃建造一所新的教學醫(yī)院來與主校園的博卡拉頓地區(qū)醫(yī)院配合運作，但由于2007年財政預算出現(xiàn)赤字，醫(yī)院的建設被無限制推遲。不過到了2010年，佛羅里達大西洋建立了自己的醫(yī)學院。2007年，海港分支海洋學研究所（Harbor Branch Oceanographic Institution，簡稱HBOI）也與大學合并，成為佛羅里達大西洋的第七個校園，為此佛羅里達州議會撥款4400萬美元給大學來收購這家研究所。

自1964年開辦以來，佛羅里達大西洋大學已經發(fā)生了巨大的變化。2010年，有約28000名學子在橫跨193公里分布的七個校園上課。大學由10個學院組成，擁有超過3200名教師和工作人員。由于經濟惡化，大學獲得的捐贈金額從2008年6月的1.82億美元下滑到了2009年1月的1.42億美元。

自成立以來，大學已經有過7位校長。第7位校長瑪麗·珍·桑德斯博士于2010年3月3日上任，2013年5月15日辭職。她之前的一任校長是曾擔任佛羅里達州副州長的弗蘭克·布羅剛，他于2009年末成為佛羅里達州立大學系統(tǒng)的校監(jiān)。之前的大學校長還包括安東尼·卡坦尼斯博士，海倫·帕普維奇博士（Dr. Helen Popovich）、格倫伍德·克里奇博士（Dr. Glenwood Creech）和肯尼斯·拉斯特·威廉斯博士（Dr. Kenneth Rast Williams）等。