1991年7月15日，根據(jù)《勃蘭登堡州高等院校法》，原來的波茨坦勃蘭登堡州立高等學校（BrandenburgischenLandeshochschulePotsdam，前身為1948年至1951年間的“卡爾·李卜克內(nèi)西”教育高等學校（P?dagogischeHochschule“KarlLiebknecht”））和波茨坦-巴貝斯堡法學及行政學高等學校（HochschulefürRechtundVerwaltungPotsdam-Babelsberg，前身為“瓦爾特·烏布利希”德意志國家和法律科學院（德語：DeutscheAkademiefürStaats-undRechtswissenschaft?WalterUlbricht“））合并，成立了年輕的波茨坦大學。正因如此，波茨坦大學的重點之一仍然是師范教育。建校時任校長的是化學家、后來的勃蘭登堡聯(lián)邦州憲法法庭法官羅爾夫·米茨納（德語：RolfMitzner）。
位于戈爾姆（德語：Golm）的前東德國家安全部高等學校（德語：HochschuledesMinisteriumsfürStaatssicherheit）校區(qū)，如今也屬于波茨坦大學，是人類學、數(shù)學-自然科學學院所在地。
2009年10月，波茨坦大學從十所德國高校中脫穎而出，被德意志科學基金贊助者聯(lián)合會（StifterverbandfürdieDeutscheWissenschaft）和德國文化部長常設會議（Kultusministerkonferenz）授予“卓越教學（德語：ExzellenzinderLehre）”榮譽，獎金一百萬歐元。盡管這之前，大學一位教授出版的書《UniversalAlgebraandApplicationsinTheoreticalComputerScience》曾受到抄襲指控。
