從十九世紀(jì)初起，慕尼黑大學(xué)逐步形成了民主管理的制度。幾經(jīng)變遷，當(dāng)前的機(jī)構(gòu)設(shè)置及其職能如下：

評議大會

這是大學(xué)議事決策的權(quán)力機(jī)構(gòu)，其成員由民主選舉產(chǎn)生。在一屆的與會代表中，教授代表為36人，其他學(xué)術(shù)人員代表為12人，學(xué)生代表為12人，非學(xué)術(shù)人員代表為6人。校長等校務(wù)領(lǐng)導(dǎo)委員會的5名成員也是評議大會的成員。評議大會的成員每兩年選舉一次，其中學(xué)生代表每一年選舉一次。

評議大會的職能主要有：

制訂和修改大學(xué)的法規(guī)和章程；

選舉產(chǎn)生大學(xué)校長和副校長，組成校務(wù)領(lǐng)導(dǎo)委員會；

聽取校務(wù)領(lǐng)導(dǎo)委員會的工作報告。

評議會

評議會是在評議大會休會期間所設(shè)的常務(wù)機(jī)構(gòu)，其成員包括：教授代表12人，其他學(xué)術(shù)人員代表4人，非學(xué)術(shù)人員代表2人，各團(tuán)體都按評議大會代表1/3的名額選出評議會成員。此外，校務(wù)領(lǐng)導(dǎo)委員會5名成員，也是評議會的成員，參加日常會議，

評議會日常工作任務(wù)主要有：

擬定大學(xué)法規(guī)和章程中需要修訂部分的修訂草案，供評議大會研究討論。

決定教授聘請事宜。

決定學(xué)術(shù)研究工作的重大項目。

決定新的學(xué)科和考試規(guī)則等。

各種人員在評議大會評議會中的比例，是根據(jù)巴伐利亞州《高等教育法》中規(guī)定的比例而設(shè)置的，教授多于其它人員的總和。即所謂“教授治�！薄Ａ硪环矫�，讓學(xué)生參加學(xué)校的管理，學(xué)生的比例和其他學(xué)術(shù)人員相同，多于非學(xué)術(shù)人員大學(xué)的機(jī)構(gòu)設(shè)置、課程安排、活動組織都傾聽學(xué)生的意見--這是“學(xué)生本位”制的體現(xiàn)。

委員會

慕尼黑大學(xué)設(shè)校長1人，副校長3人，均由評議大會選舉，校務(wù)領(lǐng)導(dǎo)委員會辦公室主任1人，由校長任命，5人共同組成學(xué)校行政領(lǐng)導(dǎo)機(jī)構(gòu)。

校長的職能是領(lǐng)導(dǎo)校務(wù)委員會的工作，同時統(tǒng)籌、協(xié)調(diào)全校各個學(xué)院的教學(xué)科研工作。幾百年來，當(dāng)選的校長一般都是德高望重的教授。學(xué)校校長不是純行政職務(wù)，只是“兼職”，任職期間仍不放棄教學(xué)和科研，從職位上“退休”后，還回到學(xué)院或研究所去繼續(xù)從事他的本行。

學(xué)院組織

學(xué)院的議事機(jī)構(gòu)為“學(xué)科會議”，成員比例為：教授7人，其他學(xué)術(shù)人員2人，學(xué)生2人，非學(xué)術(shù)人員1人。

學(xué)科會議由本學(xué)院學(xué)科代表大會選舉產(chǎn)生，該會議同時選舉院長和副院長。

學(xué)院院長的基本任務(wù)是：

統(tǒng)籌、協(xié)調(diào)各研究所要完成的本年度學(xué)術(shù)研究和人才培養(yǎng)任務(wù)。

將各學(xué)科的先進(jìn)經(jīng)驗集中推廣，提高教學(xué)科研質(zhì)量。

組織各個學(xué)科的各級考試。

搞好教師、科研人員的專業(yè)進(jìn)修，造撥優(yōu)秀人才充實教學(xué)科研隊伍。

福利會

這是一個負(fù)責(zé)對所有慕尼黑大學(xué)學(xué)生的福利進(jìn)行籌劃和安排的機(jī)構(gòu)。如維修建筑、管理宿舍和食堂、發(fā)放補(bǔ)助金等等。這是一個獨立的社團(tuán)，其成員努力使他們的工作盡量不受學(xué)校行政部門的干擾。該機(jī)構(gòu)初創(chuàng)于1918年。兩次世界大戰(zhàn)都給德國帶來了巨大的損失，不少學(xué)生是依靠福利會提供的低價膳食、服裝以及勤工儉學(xué)的機(jī)會才渡過難關(guān)的，由此，這一機(jī)構(gòu)成為其他學(xué)校效仿的榜樣。直到如今，很多學(xué)生（三分之一左右）仍有賴于該機(jī)構(gòu)提供的工作機(jī)會才能修完德國大學(xué)漫長的學(xué)業(yè)。