1858年，位于Georgetown的培根學(xué)院改名為Kentucky University，遷至Harrodsburg，但不久在南北戰(zhàn)爭中毀于戰(zhàn)火。1865年，校園被毀的Kentucky University與財(cái)政遇到困難的特蘭西瓦尼亞大學(xué)合并，校名仍然為Kentucky Univeristy，校園則遷至特蘭西瓦尼亞大學(xué)所在的萊克星頓。在Morrill政府特許地學(xué)院法案的資助下（該法案規(guī)定每個(gè)州可以從聯(lián)邦政府得到30000英畝的土地，用于建立教授軍事，工程與農(nóng)學(xué)的學(xué)院），肯塔基大學(xué)農(nóng)業(yè)和機(jī)械學(xué)院成立，1869年該學(xué)院授予第一個(gè)學(xué)位，同年詹姆斯·肯尼迪·佩特森出任校長。1878年由于指導(dǎo)思想不和，學(xué)校分裂，一部分保留Kentucky University的名字，后來改回原名特蘭西瓦尼亞大學(xué)，另一部分于1879年改名為肯塔基農(nóng)業(yè)和機(jī)械學(xué)院，萊克星頓市為其提供額外資助，并捐贈了52英畝的土地（肯塔基大學(xué)校園的中心部分），即今肯塔基大學(xué)的前身。
1880年，學(xué)校開設(shè)師范學(xué)院，開始招收女學(xué)生，但女生沒有獲得學(xué)位的資格，1888年才第一次授予女性學(xué)位。1904年，第一座女生宿舍樓Patterson Hall建成，這也是中心校園之外的第一座建筑，住在這里的學(xué)生需要穿越一片積水的濕地（即學(xué)生活動中心）才能到教室上課。Patterson Hall后被翻新，成為肯塔基大學(xué)現(xiàn)存最老的學(xué)生宿舍。
1908年，學(xué)校改名為州立肯塔基大學(xué)。1910年擔(dān)任四十年校長職務(wù)的James Kennedy Patterson退休。1916年學(xué)校改名為肯塔基大學(xué)（University of Kentucky）。1949年，黑人學(xué)生Lyman T. Johnson勝訴，得以進(jìn)入研究生院就讀。1954年起肯塔基大學(xué)廢除對學(xué)生入學(xué)的種族要求。
