1858年，位于Georgetown的培根學院改名為Kentucky University，遷至Harrodsburg，但不久在南北戰(zhàn)爭中毀于戰(zhàn)火。1865年，校園被毀的Kentucky University與財政遇到困難的特蘭西瓦尼亞大學合并，校名仍然為Kentucky Univeristy，校園則遷至特蘭西瓦尼亞大學所在的萊克星頓。在Morrill政府特許地學院法案的資助下（該法案規(guī)定每個州可以從聯(lián)邦政府得到30000英畝的土地，用于建立教授軍事，工程與農(nóng)學的學院），肯塔基大學農(nóng)業(yè)和機械學院成立，1869年該學院授予第一個學位，同年詹姆斯·肯尼迪·佩特森出任校長。1878年由于指導(dǎo)思想不和，學校分裂，一部分保留Kentucky University的名字，后來改回原名特蘭西瓦尼亞大學，另一部分于1879年改名為肯塔基農(nóng)業(yè)和機械學院，萊克星頓市為其提供額外資助，并捐贈了52英畝的土地（肯塔基大學校園的中心部分），即今肯塔基大學的前身。
1880年，學校開設(shè)師范學院，開始招收女學生，但女生沒有獲得學位的資格，1888年才第一次授予女性學位。1904年，第一座女生宿舍樓Patterson Hall建成，這也是中心校園之外的第一座建筑，住在這里的學生需要穿越一片積水的濕地（即學生活動中心）才能到教室上課。Patterson Hall后被翻新，成為肯塔基大學現(xiàn)存最老的學生宿舍。
1908年，學校改名為州立肯塔基大學。1910年擔任四十年校長職務(wù)的James Kennedy Patterson退休。1916年學校改名為肯塔基大學（University of Kentucky）。1949年，黑人學生Lyman T. Johnson勝訴，得以進入研究生院就讀。1954年起肯塔基大學廢除對學生入學的種族要求。
