課程包括：
1. 四年的文學、哲學和政治學研討會；
2. 四年的數(shù)學
3. 三年實驗室課程
4. 四年語言（古希臘語，中期/早期英語，法語）
5. 大學第一年的合唱團以及第二年的音樂學習
東西方古典名作并不是圣約翰唯一的教材。希臘語和法語課仍然運用傳統(tǒng)教材作為補充材料進行教學。科學實驗和數(shù)學課上運用教師編寫的手稿作為教材，其中包括原始資料和課后練習。舉個例子，數(shù)學導師會把1905年艾爾伯特·愛因斯坦的論文和練習題結(jié)合，要求學生對論文中的數(shù)學過程進行操作。盡管如此，原始資料仍然是重中之重。所有研討會中的閱讀材料均出自東西方古典名著；音樂課則利用曲譜學習作曲家們的主要創(chuàng)作。
課程中唯一的選修課是第三、四年冬天簡短的稱作‘Perceptorials’的課程。這種課程的內(nèi)容每年都有變化，一般囊括了‘巨作’體系中沒有涉及的話題以及‘巨作’書單中沒有納入的作者作品，如《百年孤獨》作者加布里爾·加西亞·馬爾克斯以及詩人華萊士·斯蒂文斯。
平時學習中除了偶爾的語言測驗、大二結(jié)束時必須通過的代數(shù)考試以及大三期末的法語考試外，并沒有其他書面考試。學生會通過課堂討論參與以及論文的形式被考核。在研討會中，每個學期都有口頭測試，測試方法是學生與一位或多位教師共同討論，已證明他全面閱讀并理解了這一學期的書單內(nèi)容。學期中的寫作作業(yè)包含短論文寫作（一般不超過10頁）。研討會要求學生寫作長篇論文。圣塔菲校區(qū)的學生每學期末必須就研討會寫論文。春季學期的論文會比較長，并且會在成績單上單獨列項評分；安那波利斯校區(qū)的學生每學年末必須寫一篇長論文（20-30頁）。輔導課和研討會的論文不能是研究論文，而應該著重突出學生自己對于某部著作的分析或者對某種理論的解析。論文中尤其重要的是大二的論文，因為學校將據(jù)此評判一個學生是否有資格繼續(xù)本科后兩年的學習。大四期間，學生必須寫作一篇大型論文，學生必須就這篇論文與三位教授評審進行答辯。
