直到19世紀，創(chuàng)建了一個半世紀的哈佛學院仍然以英國的牛津大學、劍橋大學兩所大學為模式，以培養(yǎng)牧師、律師和官員為目標，注重人文學科，學生不能自由選擇課程。19世紀初，高等教育課程改革的號角在哈佛吹響了，崇尚“學術自由”和“講學自由”。“固定的學年”和“固定的課”的老框框受到?jīng)_擊，自由選修課程的制度逐漸興起。

1839年，哈佛大學再次發(fā)動課程改革。1841年，哈佛正式實行選課制，但在保守勢力的反對下很快又有所倒退。

19世紀60年代，美國爆發(fā)了“南北戰(zhàn)爭”。南北戰(zhàn)爭為美國資本主義的發(fā)展開辟了道路，生產力突飛猛進，科學技術工作者的地位逐步提高，工程師、自然科學家和工業(yè)技術人才得以和律師、官員等并駕齊驅。形勢的變化對高等學校的課程改革十分有利，選修制再次興起，哈佛又一次走在了改革的前列。

1869年，年僅35歲的埃里奧特擔任哈佛大學校長，此后他擔任校長40年，是推行選課制的主將，在他的領導和推動下，哈佛大學全面實行選修制。到1895年，只有英語和現(xiàn)代外語仍為必修課，其它均為選修課。美國許多高校紛紛步哈佛大學后塵，減少或廢除必修課，增加選修課。

按照自由選修制的要求，攻讀一種學位，可有16門課程供學生選修，只要符合規(guī)定，便可取得相應的學位。這種方法打破了固定的四年學制，成績優(yōu)異者三年內即可取得相應的學位，可稱得上是“不拘一格降人才”了。在埃里奧特的努力下，哈佛大學招聘名流學者任教，選修課程開設超過其它大學，學生的知識面擴大，學習潛能得以充分發(fā)揮。

埃里奧特的教育思想和課程改革對美國高等教育的發(fā)展具有深遠影響，他強調高等學校要給予學生三個法寶：一是給學生學習上選擇的自由；二是使學生在所擅長的學科上有施展才能的機會；三是使學生的學習從被動的行為轉化為自主的行為，使學生從對教師的依賴和從屬關系中解放出來。

1909年，洛厄爾出任校長，他在保留自由選課制優(yōu)點的前提下又提出了新的教改方案，從1914年起，實行“集中與分配”制。所謂“集中”，是指從16門可供選擇的課程中，必須選修6門本系的專業(yè)課，以保證重點；所謂“分配”，是指另外的6門課程從3個不同的知識領域中各選兩門，以保證學生具有比較廣泛的知識面。余下的課任學生自由選擇。這種制度既保證專業(yè)課學習的深度，又能擴大學生的視野，也可給學生的個人愛好留下適當?shù)挠嗟亍?/P>

1933年，化學家科南特擔任校長，他勵精圖治，于1940年主持成立專門委員會，研究課程改革。經(jīng)過5年的反復研究，提出了專門報告，主張加強普通教育。哈佛大學按照專門報告的建議，又作了5年實驗，在1951年正式推行“普通教育”制度。按照普通教育制度的規(guī)定，第一，一、二年級的學生，要從自己所在的系中選修6門專業(yè)課，再從人文、社會、自然三大類別的普通教育課中各選一門，共3門課，另外還需從其他系的課程中至少選3門；第二，三、四年級也設有普通教育課，沒有學過一、二年級普通教育課的，不得選修三、四年級的普通教育課；第三，攻讀碩士和博士學位的學生可以選修一部分三、四年級的普通教育課；第四，學生不得選修屬于同一個考試組的兩門課。這樣做，普通教育和專業(yè)教育結合的很緊密，而且先后有序，互相銜接。這種辦法吸取以前制度的優(yōu)點，加以綜合，形成了以通訊教育為基礎，以集中與分配為指導的自由選修制度。

哈佛大學學生成績的計分方法一般有四種：第一，按A、B、C、D、E五級計分，A為最高分；第二，及格和不及格；第三，滿意和不滿意；第四，有學分和無學分。

哈佛大學的課程改革并沒有停滯不前，他們又進而研究在普通教育中哪些課程是核心課程，或稱基礎課程。他們深切認識到，不論學習任何專業(yè)，都必須有深厚的基礎知識。

德里克·博克于1971年出任校長，他十分關注大學本科的基礎教育，采取了有力的措施。20世紀初，美國一般大學文科的課程是按照縱深與橫亙相結合的原則來設置的，既讓學生對某一領域有比較深入的理解，又要求學生對其他領域有較為廣泛的涉獵。到20世紀中期，則要求學生在知識廣度方面對人文科學、社會科學和自然科學三個領域有概括的基本的理解。到了六、七十年代，以上的課程模式再度受到挑戰(zhàn)，由于人類的知識領域空前擴大，各學科之間過去的傳統(tǒng)界限已被沖破，使得傳統(tǒng)的文科課程結構處于不得不改革的局面。

1973年，博克校長任命亨利·羅索夫斯基（Henry Rosovsky）為哈佛文理學院院長，責成他負責研究文理學院的目標及哈佛本科教育中存在的種種問題，號召教師們獻計獻策，以集思廣益，重新制定有關大學教學的目的和方法。羅索夫斯基任命威爾遜教授研究共同基礎課問題，于1976年提出一項改革方案，即“威爾遜報告”。這份報告主張制定一種強制性的共同基礎課程，以后又經(jīng)過反復討論、修改，并由羅索夫斯基院長親自主持進一步的修改工作，結果于1978年提出了關于共同基礎課的報告，并決定于第二年開始付諸實施。

在1978—2008年期間，所有本科生需完成七門主修以外的課程， 作為核心課程的一部分；之后課程有變動，在2008年之后，所有本科生除了主修課程，還需完成八類的大學通識教育課程，它們分別是：美學與理解、文化與信仰、數(shù)學與簡化解釋、道德理解、生命科學、物理科學、世界與社會及美國與世界。 另一方面，哈佛的研究生課程則非常多元化，并與其本科生課程有很大的關聯(lián)。不過，有某一部分的學生及教育組織批評哈佛的本科生課程過于依賴助教，指這樣會影響教育質素。

哈佛采用半學年/兩學期制教學，每個學年從九月初開始直到五月中旬。 本科生在每個學期/半學年里需完成四門指定科目，并須保持這個報讀率以維持作為全職本科生的資格。 每個主修科目均提供基礎課程及高級課程供

學生選擇。 以排名首4—5%成績畢業(yè)的學生會獲賦予最高榮譽“summa cum laude”學位，剩下的頭15%的學生獲“magna cum laude”的銜頭，其余的30%則為“cum laude”。 大學不同學科部均有不同的獎學金及獎項頒發(fā)。惟哈佛及很多其他的美國大學被批評出現(xiàn)“等級上漲”的情況，很多獎學金及榮譽的要求不斷上升， 例如：哈佛學院獲得拉丁文學位榮譽的學生人數(shù)從2004年的90%，下降至2005年的60%。 不過，也有報告指出，學生們的學習動力及拼搏精神卻因此得以提升。