劍橋大學(xué)成立于公元1209年，最早是由一批為躲避毆斗而從牛津大學(xué)（University of Oxford）逃離出來的老師建立的。
12世紀(jì)，方濟(jì)會修士、本篤會修士和圣衣會修士，來到這片平坦、潮濕的沼澤區(qū)定居，劍橋郡由此誕生。
1209年，牛津大學(xué)的兩名經(jīng)院派哲學(xué)家被控謀殺了一名妓女，牛津郡法庭將他們判處絞刑。為了表示抗議，牛津教師們有一段時(shí)間停止授課，紛紛離去，其中一部分人來到了劍橋郡，創(chuàng)建了劍橋大學(xué)。
1225年左右，劍橋的教師們就從他們當(dāng)中選出了一位校長，他的權(quán)力得到了亨利三世國王的批準(zhǔn)，大學(xué)的自主管理就由此而來。不久之后，1233年，格雷戈?duì)柧攀澜袒室才鷾?zhǔn)了，這種教會特權(quán)牛津直到1254年才享受到，亨利三世及其繼承人的法令確保了這兩所大學(xué)的壟斷地位。一直到19世紀(jì)，整整六百年，牛津和劍橋都是英國僅有的大學(xué)。歐洲其它地方?jīng)]有哪里有這種壟斷的。跟牛津一樣，劍橋的這所大學(xué)一開始也沒有自己的房子。他們在租來的房子里講課和生活，哪里有地方就在哪里。大學(xué)生們從一開始就住在旅舍里，由店主負(fù)責(zé)監(jiān)督。
1231年，亨利三世國王在授予劍橋教學(xué)壟斷權(quán)。
1280年，在這種私人旅舍被有著自己的校舍和捐款的學(xué)院取代之前，全城已經(jīng)有34家這種大學(xué)生公寓了，捐款能保證學(xué)院的持久性和獨(dú)立性。
1284年，艾利修道院的休·德·巴爾夏姆主教創(chuàng)辦了劍橋的第一所學(xué)院——彼得豪斯學(xué)院。直到學(xué)院有章程前它依照的都是牛津的早它20年的主教學(xué)院——墨頓學(xué)院的模式。劍橋畢業(yè)生從前就有最理想的就業(yè)機(jī)會，尤其是在1347~1348年的那場奪走了英國近三分之一人口的瘟疫之后，對受過良好教育的牧師、管理人員、法學(xué)家、醫(yī)生的需求增加了。
1370年前后劍橋共有八所學(xué)院，大約20多家旅舍。整個(gè)大學(xué)有將近700人。劍橋早期的學(xué)院創(chuàng)建人絕對不只是教會人員。也包括國王和他們的女人，像伊麗莎白·德·克萊爾和彭布羅克伯爵夫人這樣的上層貴族的太太，國家官員、商人、主教相當(dāng)少�；绞ンw學(xué)院的監(jiān)護(hù)人最為特殊，它是劍橋（和牛津）唯一一座由城市的兩個(gè)行會共同創(chuàng)辦的學(xué)院，這期間大學(xué)建起了它的第一幢自己的大樓，有課堂、會議室、圖書館和管理大樓的老學(xué)堂（1350年－1475年）。別的學(xué)院都圍繞著這些學(xué)院核心：克萊爾學(xué)院、三一學(xué)堂、岡維爾學(xué)堂。
1500年前后，劍橋有十幾所學(xué)院，大多數(shù)位于高街和劍河之間，南起已經(jīng)位于城墻外的特蘭平頓門旁的彼得豪斯學(xué)院，北至后來的三一學(xué)院和圣約翰學(xué)院的所在地。當(dāng)人文主義思想也隨著印刷術(shù)傳播開來。歐洲這場古典精神的偉大復(fù)興運(yùn)動最杰出的代表是來自鹿特丹的伊拉斯謨。
從1511年到1514年他住在女王學(xué)院，教授神學(xué)和希臘語，寫作，翻譯，出書，通信，有著無人能及的旺盛精力和優(yōu)雅文風(fēng)。伊拉斯謨對于劍橋不僅僅是一名布道者。原始資料研究取代了中世紀(jì)的經(jīng)院哲學(xué)。重心從神學(xué)轉(zhuǎn)到了雄辯術(shù)，從培養(yǎng)牧師轉(zhuǎn)到了培養(yǎng)有學(xué)問的國家棟梁。從此以后，古代語言和文學(xué)在英國大學(xué)的教學(xué)課程里長期占有重要地位。劍橋人文主義者對希臘語和希伯萊語的興趣帶來了圣經(jīng)和古代宗教著作的校勘版本。這里也是改革的溫床。將伊拉謨斯召來劍橋的那人是他的朋友約翰·費(fèi)希爾，他在這一發(fā)展中起了關(guān)鍵作用。人道主義的教學(xué)計(jì)劃，使得使劍橋大學(xué)在幾年內(nèi)上升為一所歐洲級別的大學(xué)，首先是和牛津處于同等水平。盡管亨利希八世本人從來沒有對劍橋產(chǎn)生過特別的興趣，卻向大學(xué)捐贈了五個(gè)王家教授席位，這屬于時(shí)代和它的火焰式國王的自相矛盾。在這個(gè)突破的時(shí)代，王室需要牛津和劍橋充當(dāng)可靠的管理人、法學(xué)家和牧師的儲備室，充當(dāng)政府的學(xué)院支柱。因此，亨利希八世本人最終于1546年創(chuàng)辦了一所學(xué)院，將兩座較老的學(xué)院合并成一座規(guī)模更大、超過了迄今所有學(xué)院的新學(xué)院——三一學(xué)院，這不僅僅是貴族自由的標(biāo)志。至今它仍是劍橋唯一的一所不由院士選舉、而由王室根據(jù)首相的提議任命院長的學(xué)院。
1614年詹姆斯一世留宿三一學(xué)院時(shí)，整個(gè)學(xué)院里禁止吸煙，因?yàn)楸娝苤�，這位國王厭惡吸煙。為了供他消遣，教師們安排了一場哲學(xué)戲，一場有關(guān)“狗們是否進(jìn)行三段論”問題的辯論表演。最后得出結(jié)論，狗不能思維。那位君主聽后說，他的狗是例外。教師們鉆牛角尖地高聲附和。毫無疑問，劍橋是一個(gè)精神活躍的地方，充滿神學(xué)和政治的辯論，獲益匪淺的不光是年輕的彌爾頓。在悉尼·蘇塞克斯學(xué)院，學(xué)生奧利弗·克倫威爾接觸到了加爾文教的思想，1640年他以一票的優(yōu)勢代表劍橋被選進(jìn)了議會――“那唯一的一票既毀了教會也毀了王國�！笔ゼs翰學(xué)院的院士、詩人約翰·克利夫蘭議論道。
1643年克倫威爾返回來，將學(xué)院變成了軍營，將劍橋變成了東英吉利議會運(yùn)動的司令部。大多數(shù)院長丟掉了他們的官職，有一半院士，共200多人，被解雇了。在君主制復(fù)辟之后，統(tǒng)一行為又恢復(fù)了英國的舊規(guī)定。王室的寵兒被指派來擔(dān)任大學(xué)校長。在此期間，能夠以笛卡爾的堅(jiān)定不移進(jìn)行研究和教學(xué)的不光是劍橋的柏拉圖主義者們，一個(gè)自由宗教哲學(xué)組織：“道理是主的燭光�！毙叛鰧ふ依硇缘睦碛桑硇园l(fā)現(xiàn)了一種新的宗教——自然科學(xué)。倫敦皇家俱樂部（1660年）成立后設(shè)立了數(shù)學(xué)、化學(xué)和天文學(xué)的教授席位，艾薩克·牛頓這顆明星在劍橋上空閃耀。
18世紀(jì)，王室和議會進(jìn)一步聽任大學(xué)自主管理。教師和學(xué)生們干他們最想干的事：學(xué)習(xí)、享樂。1800年左右，劍橋（和牛津）的名聲受到損害。另外兩所大學(xué)超過了它們，尤其是在自然科學(xué)方面：蘇格蘭的愛丁堡大學(xué)和德國的哥廷根大學(xué)，那是喬治二世創(chuàng)辦的大學(xué)，不久就成了漢諾威人最著名的大學(xué)。另外，在英格蘭也首次出現(xiàn)了競爭對手，德勒姆大學(xué)（1832年）和倫敦大學(xué)（1836年），“牛劍”失去了它的壟斷地位。同時(shí)大學(xué)生的人數(shù)卻在上升。發(fā)達(dá)起來的資產(chǎn)階級的中等階層需要新的培養(yǎng)場所。在維多利亞王朝這一越來越工業(yè)化和商業(yè)化的社會里，劍橋也感覺到必須幫忙，應(yīng)該改革了。一位科堡-高塔王子、維多利亞女王的丈夫阿爾伯特推動了這次改革。
1847年，劍橋大學(xué)以微弱的多數(shù)將這位不受歡迎的德國人選為校長。1871年，又一項(xiàng)法律結(jié)束了對不信奉英國國教者的歧視。1861年，人們注意到了第一位已婚教師，這顯示劍橋大學(xué)在漸漸地脫離中世紀(jì)。1860年前這所大學(xué)正式取消了禁止院士結(jié)婚的規(guī)定。由于各學(xué)院有權(quán)自主決定此事，直到1880年之后，院士們的結(jié)婚愿望才取得了成功。這給劍橋帶來了一場建筑和嬰兒的小小興旺。
1870年，當(dāng)時(shí)的大學(xué)校長，威廉·卡文迪什，德文郡的第七代公爵，資助了一個(gè)實(shí)驗(yàn)物理學(xué)教授席位和一所實(shí)驗(yàn)室，兩者都是以他的一位祖先、物理學(xué)家亨利·卡文迪什的姓氏命名的。那是自然科學(xué)輝煌發(fā)展的開始。19世紀(jì)劍橋人口增加了四倍，居民人數(shù)將近五萬。永遠(yuǎn)年輕、迷人的魯珀特·布魯克的精神，美人和智者圍聚在他周圍，一個(gè)撐船比賽、五朔節(jié)集會和布魯萊利口酒的世界。兩場大戰(zhàn)之間的劍橋是一個(gè)快樂優(yōu)雅和知識論爭的地方，代表人物有伯特蘭·羅素、梅納德·凱恩斯、路德維希·維特根斯坦。哲學(xué)、經(jīng)濟(jì)和自然科學(xué)發(fā)達(dá)，學(xué)生戲劇和道德科學(xué)俱樂部赫勒蒂克斯或所有俱樂部中最高檔的使徒俱樂部等辯論協(xié)會也很興旺。希特勒的上臺讓這些爭論變成了血淋淋的現(xiàn)實(shí)。弗吉尼亞·沃爾夫的侄子朱利安·貝爾及其朋友約翰·康福德就屬于在西班牙內(nèi)戰(zhàn)中陣亡的年輕的劍橋志愿者，書包里裝著《資本論》。
1933年后，很多大學(xué)生和教師覺得馬克思主義是唯一值得欽佩的選擇。國王學(xué)院的院士、歷史學(xué)家埃里克·霍布斯鮑姆甚至直到1990年都還是共產(chǎn)黨員。大學(xué)援助委員會是個(gè)于1933年開始工作的援助組織，當(dāng)時(shí)，在它的幫助下，首先是流亡的自然科學(xué)家在劍橋找到了避難所，其中有維也納化學(xué)家馬克斯·佩魯茨，他于1947年建立了享譽(yù)全球的分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室。因?yàn)樗漠吷聵I(yè)，對血紅蛋白的研究，佩魯茨于1962年和他的同事約翰·肯德魯一起榮獲諾貝爾獎。今天劍橋大學(xué)共有31所獨(dú)立自治學(xué)院，約一萬九千名學(xué)生。新建的學(xué)院里有些是純粹的研究生院：達(dá)爾文學(xué)院、沃爾夫森學(xué)院、克萊爾學(xué)堂。這一發(fā)展始于1934年新建的大學(xué)圖書館，到20世紀(jì)末就在城西出現(xiàn)了一個(gè)新校園。
2009年，劍橋大學(xué)舉行了隆重的校慶，紀(jì)念建校800周年。
2015年，劍橋大學(xué)受邀參加中國國際教育展。
