1419年，經(jīng)教宗馬丁五世2月13日簽署的教諭許可，梅克倫堡公爵約翰三世和阿爾布萊希特五世與漢薩城市羅斯托克的市議會(huì)共同創(chuàng)建了羅斯托克大學(xué)，開幕慶典于11月12日在圣瑪麗亞教堂舉行。大學(xué)最初由法學(xué)院，醫(yī)學(xué)院和藝術(shù)學(xué)院（約1580年改稱為哲學(xué)院）組成，而神學(xué)院的建立因異端思潮影響直到1432年才被教宗尤金四世允諾。

十五世紀(jì)，有400至500名學(xué)生在羅斯托克大學(xué)學(xué)習(xí)，主要來自荷蘭、斯堪的納維亞和波羅的海沿岸地區(qū)。羅斯托克大學(xué)據(jù)此在當(dāng)時(shí)的德國(guó)屬于大規(guī)模大學(xué)之列。由于政局混亂，羅斯托克大學(xué)于1437年在教會(huì)的壓力下，服從巴塞爾宗教會(huì)議的禁令遷往格賴夫斯瓦爾德。此禁令于1440年撤銷，而大學(xué)直到1443年才遷回羅斯托克，1487年至1488年（一說至1492年）大學(xué)又曾遷往漢薩城市呂貝克。

十六世紀(jì)，人文主義和路德學(xué)說傳入羅斯托克大學(xué)。隨羅斯托克市之后,大學(xué)于1542年接受新教。

十七世紀(jì)，約阿希姆·詠鳩斯于1622年在羅斯托克大學(xué)創(chuàng)辦了德國(guó)第一所自然科學(xué)研究學(xué)會(huì)。而后的三十年戰(zhàn)爭(zhēng)使奉行路德新教的羅斯托克大學(xué)一度走入低潮，變?yōu)橐粋�(gè)地方青年的高校。獵女巫時(shí)期林特爾恩大學(xué)、羅斯托克大學(xué)和維滕貝格大學(xué)是最重要的鑒定大學(xué)，當(dāng)時(shí)各德國(guó)大學(xué)法學(xué)院的裁判方法非常不同，赫爾姆施泰特大學(xué)和林特爾恩大學(xué)的法學(xué)院被認(rèn)為是強(qiáng)硬派。

十八世紀(jì)，梅克倫堡-什未林公爵虔誠者弗里德里希因教義分歧干涉羅斯托克大學(xué)事務(wù), 于1760年同擁護(hù)公爵的教授在比措籌建新校, 此校于1789年由公爵弗里德里�！じヌm茨一世授意回歸羅斯托克大學(xué)。

十九世紀(jì)，梅克倫堡的兩個(gè)公國(guó)于1815年均升格為大公國(guó)，羅斯托克大學(xué)的所有權(quán)于1827年歸屬梅克倫堡-什未林大公。此后羅斯托克大學(xué)得以擴(kuò)建，1870年建成了梅克倫堡式文藝復(fù)興風(fēng)格的新主樓，1899年開辦了德國(guó)第一所大學(xué)附屬耳鼻喉科醫(yī)院。

二十世紀(jì)，羅斯托克大學(xué)于1919年建校五百周年之際授予阿爾伯特·愛因斯坦和馬克斯·普朗克榮譽(yù)博士學(xué)位。納粹時(shí)期大學(xué)在校生人數(shù)銳減，與此前1930年的1700人對(duì)比, 1939年在校生僅有700余人。愛因斯坦在羅斯托克大學(xué)的榮譽(yù)博士學(xué)位，也是他的第一項(xiàng)此類榮譽(yù)，在這一時(shí)期并未撤銷，其原因未知。二戰(zhàn)期間大學(xué)暫時(shí)關(guān)閉，1946年2月24日重新開放。適應(yīng)當(dāng)時(shí)局勢(shì)需要，大學(xué)曾設(shè)置一所開辦至1963年的以培養(yǎng)青年精英為目的的恩斯特·臺(tái)爾曼工農(nóng)學(xué)院。1950年農(nóng)業(yè)學(xué)院成立，1951年造船系成立，1963年造船系改稱技術(shù)學(xué)院，這也是德國(guó)古典大學(xué)首次設(shè)置工科院系，同年亦增設(shè)了工程經(jīng)濟(jì)系。1976年大學(xué)更名為威廉·皮克大學(xué)，直至1990年德國(guó)統(tǒng)一恢復(fù)原名，此后羅斯托克大學(xué)進(jìn)行了新的院系調(diào)整。