作為頂尖的研究型大學，詹姆斯庫克大學每年獲得的研究基金超過兩千萬澳元。
該大學尤其重視熱帶生物領(lǐng)域的研究，其凱恩斯校區(qū)是世界頂尖的熱帶雨林研究中心，澳大利亞熱帶雨林協(xié)會也為該校區(qū)提供了大量的生物技術(shù)科研機會。
該大學在熱帶相關(guān)領(lǐng)域具有很高的國際聲譽，比如海洋生物，環(huán)境研究和熱帶衛(wèi)生，旅游與農(nóng)學。
海洋科學是該大學規(guī)模最大的強項研究領(lǐng)域，該大學25%以上的預算都用于該領(lǐng)域的研究。其研究強項還有生物技術(shù)，地球科學和分子科學。
詹姆斯·庫克大學的熱帶生物科學專業(yè)在全球?qū)儆陬I(lǐng)先地位。受到全球認可的學科有海洋生物、沿海與環(huán)境科學、熱帶雨林、世界旅游業(yè)組織鑒定學會（WTO）、海洋考古學、公共衛(wèi)生學. 其海洋學科是全球頂尖大學之一。
它的本科及碩士學位課程有許多獨到之處。同時，環(huán)境保護、酒店管理、項目管理、醫(yī)院管理、金融財務(wù)管理、心理學、商務(wù)與環(huán)境科學等專業(yè)的本科及碩士課程也為該校的強項，均在澳洲大學專業(yè)學術(shù)排名前十。 另外，詹姆斯. 庫克大學還可以針對市場的需求量身訂制新的碩士專業(yè)課程。其MBA課程（商業(yè)管理碩士）在澳大利亞具有相當聲譽，澳洲排名前五。
